Après la révolte des Hashimiyya dans le Khurasan en 746, le califat Omeyyade fut complètement détruit pour être remplacé par le califat Abbasside. Ces derniers ordonnèrent alors la mise à mort de tout les membres de la famille Omeyyade, et la profanation des sépultures de leurs ancêtres, à l’exception de celle d’Umar Ibn Abd Al Aziz.
Cependant, l’un des descendants de la famille Omeyyade, Abd-ar-Rahman I (731-788) avait survécu au massacre, et avait fuit le coeur du royaume pour se réfugier à Cordoue, où il se fit proclamer émir en 756, soit six ans après que les Omeyyades ait perdu le califat. La dynastie des Omeyyades n’était donc pas totalement éteinte et allait pouvoir renaître au moins partiellement…
Une fois sa position d’émir confortée, Abd-ar-Rahman I décida d’unir les différents fiefs à proximité de Cordoue, afin de les intégrer à son émirat, tout en supprimant toute opposition potentielle de la part des souverains musulmans situés dans sa zone d’influence.
Ce n’est qu’en 929 qu’Abd-ar-Rahman III, lui-même émir de Cordoue, se proclame calife. Il est important de mentionner qu’au moment même de son investiture, Abd-ar-Rahman III était pourtant menacé par une invasion de la dynastie Fatimide, qui était alors intéressée par le riche et prospère émirat de Cordoue. Aussi, afin de faciliter la lutte contre l’envahisseur Fatimide, qui réclamait le califat en opposition aux Abbassides, l’émir de Cordoue se proclama lui-même calife, ce qui lui valu le plus profond respect de la part de ses sujets, qui lui restèrent fidèles même après que les Fatimides furent chassés du royaume.
Du fait de l’appartenance d’Abd-ar-Rahman III à la dynastie Omeyyade, comme ses ancêtre émirs de Cordoue avant lui, le califat nouvellement créé peut donc être reconnu comme un nouveau califat Omeyyade, bien que géographiquement limité à une partie du territoire espagnol.
Pendant la quasi-totalité du 10ième siècle, le nouveau califat omeyyade de Cordoue connu une grand période de prospérité. Le calife Abd-ar-Rahman III réussit ainsi non seulement à occuper la totalité de la province d’Al-Andalus (ensemble de la péninsule Ibérique) mais également à contrôler par la diplomatie et la force armée les royaumes chrétiens du Nord, notamment la France, la Germanie et Constantinople.
A la mort d’Abd-ar-Rahman III en 961, c’est son fils Al-Hakam II (915-976), alors âgé de 47 ans qui repris les rennes du pouvoir. Bien qu’Al-Hakam II appliqua la même rigueur diplomatique que son prédécesseur vis à vis des royaumes voisins, il fit également davantage appel à des conseillers de cours, lui permettant de juger plus efficacement chaque problème survenant sur son territoire.
Le califat Omeyyade de Cordoue a également bénéficié d’une économie riche et diversifiée. En plus des nombreux raids organisés par le califat visant les royaumes chrétiens, qui se révélaient à terme très lucratifs, le califat mis en place le paiement de tributs afin de garantir la sécurité des routes commerciales musulmanes partant d’Al-Andalus vers le reste de la Méditerranée et au-delà. D’autre part, de nombreux domaines industriels assurèrent également la richesse et la prospérité du califat, tels que le textile, la céramique, la verrerie, la métallurgie ou encore l’agriculture. Des taxes furent également mises en place sur les populations juives et chrétiennes présentes à l’intérieur du royaume, à titre de « dhimmis ».
Cordoue était alors l’épicentre culturelle d’Al-Andalus et ses nombreuses mosquées, telle que « la Grande Mosquée de Cordoue » (considérée come un chef d’œuvre de l’art musulman) étaient sujettes à une attention toute particulière de la part des califes. L’établissement de nombreux centres culturels au sein de la capitale favorisa grandement les échanges intellectuels, notamment en science, histoire ou encore en géographie, ainsi que les traductions de textes grecques anciens en Arabe. Ces influences culturelles extérieures au sein de la capitale permirent également la venue de nouvelles méthodes hygiéniques venues de l’Est du royaume, comme la pate dentaire (dentifrice) ou le déodorant, rapporté au sein de la péninsule ibérique par un membre influent de la court du calife, surnommé « Ziriyab » (de son vrai nom Abu l-Hasan ‘Ali Ibn Nafi‘ 789-857)
La mort d’Al-Hakim II en 976 marqua le début du déclin du califat Omeyyade de Cordoue. Ceci est due principalement à la nomination par Al-Hakim II de son fils Hisham II (965-1013), alors âgé seulement d’une dizaine d’années, comme son successeur à la tête du califat. Voyant que cet enfant n’était pas apte à remplir les exigences requises pour un poste aussi important que le califat, Ibn Abi 'Amir (938-1002), le principal conseiller d’Al-Hakim II, feignit de jurer obédience au jeune calife, et pris les rennes du pouvoir toute en jurant de le rendre à Hisham II lorsque ce dernier serait en âge de gouverner.
Pourtant, en place de respecter sa parole et de laisser le pouvoir à Hisham II, Ibn Abi 'Amir décida d’éloigner ce dernier du trône et de réprimer tout mouvement de soutien au jeune héritier. Ibn Abi 'Amir, originaire d’Algeciras (située dans la baie de l’actuel détroit de Gibraltar) décida également de faire venir les peuplades berbères d’Afrique du nord en Al-Andalus dans le but d’affirmer son autorité. Cet usurpateur du califat commença alors à mener le royaume d’une poigne de fer, maltraitant entre autre les populations chrétiennes placées sous son administration.
Ibn Abi ‘Amir continua à gouverner le royaume, tout en maintenant le jeune calife hors de portée du pouvoir, jusqu’à sa mort en 1002, date à laquelle son fils ‘Abd Al-Malik Al-Muzaffar (?-1008) le remplace sur le trône. Six années plus tard, c’est le frère d’Al-Muzaffar, Abd al-Rahman Sanchuelo (983-1009) qui prend la tête du califat, en forcant Hisham II, pourtant calife mais probablement atteint de troubles mentaux, à le désigner comme son tuteur légal. Cet acte fut le principal déclencheur d’un grand mouvement de révolte de la part des habitants de Cordoue. Ces derniers en avaient alors plus qu’assez d’Ibn Abi 'Amir et de ses successeurs, qui faisaient régner la terreur dans le royaume grâce à leur milice privée composée de mercenaires berbères. Aussi, alors qu’Abd al-Rahman partait en expédition contre l’armée du roi Alfonso V de Leon en Février 1009, les citoyens de la ville de Cordoue se soulevèrent. La révolte fut menée par Mohammed II al-Mahdi (980-1010), membre de la dynastie des Omeyyades, qui n’hésita pas à détrôner Hisham II la même année, puis à détruire la résidence privée d’Abd al-Rahman. Quand ce dernier eut vent de la révolte, il revint sur ses pas, mais son armée l’abandonna, et il fut capturé et exécuté par Mohammed II.
Mohammed II fut à son tour destitué moins d’un an après son intronisation par les peuplades berbères d’Al Andalus, restaient fidèles à Abd al-Rahman et hostiles au nouveau calife. Mohammed II fut donc destitué et tué en 1010 après que ses alliés catalans l’aient abandonné, le laissant seul face aux insurgés. Hisham II fut ainsi remis sur le trône, ce qui eut pour effet d’affaiblir considérablement le califat, de nouvelles factions apparaissant et réclamant à leur tour le califat. Le dernier calife fut Hisham III ( ?-1036), et c’est peu avant sa mort, en 1031 que le califat, dont l’unité avait déjà volé en éclats depuis des années déjà, finit définitivement de se morceler en différents taifas (ou royaumes autonomes) dont l’administration resta chaotique et sujette aux pillages et invasions des tribus des régions voisines.